Les troupes commandées par Padilla cantonnent à Torrelobatón (province de Valladolid) et doivent faire mouvement vers Toro (province de Zamora) ou Valladolid. Sous la pression de ses hommes et malgré des conditions climatiques difficiles, Padilla décide la mise en mouvement de l'armée en direction de Toro pour y retrouver des renforts et des provisions. Il pleut et l'armée impériale, installée dans un village voisin (Peñaflor de Hornija), attend l'armée des rebelles.
La rencontre a lieu près de Toro. L'armée des comuneros, en situation d'infériorité numérique, ramène en vain le combat dans les rues de la ville. Beaucoup s'enfuient et les troupes restantes sont massacrées. Entre 500 et 1 000 comuneros sont tués, 6 000 sont faits prisonniers, les chefs de la rébellion sont arrêtés puis décapités.
En souvenir de cette funeste bataille, le 23 avril a été choisi comme Jour de Castille et León et fait l'objet d'une commémoration annuelle à Villalar de los Comuneros.
