La baie d'Aboukir (arabe : خليج أبو قير) est une baie de la mer Méditerranée en Égypte. Plus précisément entre Aboukir — dont elle tire son nom — près d'Alexandrie et Rosette dans le delta du Nil.
Différentes batailles y ont eu lieu lors des guerres de la Révolution française, pendant la campagne d’Égypte, notamment la bataille d'Aboukir le .
L'île Nelson est située dans la baie.
Franck Goddio, l'archéologue qui a découvert en baie d'Aboukir la ville engloutie de Thônis-Heracleion.
