Bagrat se proclame roi d'Iméréthie, fief de ses ancêtres maternels, en 1454 en opposition au roi Georges VIII de Géorgie. Il met à profit les difficultés du roi Georges VIII avec ses vassaux Jakéli du Samtskhé pour envahir le Karthli et se proclamer ensuite roi d'Iméréthie-Karthli en 1465. Son compétiteur s'étant retiré en Kakhétie, Bagrat VII règne dix ans sur les deux royaumes unis.
Le roi Bagrat VI parvient à obtenir le soutien de Michel IV d’Antioche, patriarche d’Antioche, et celui-ci consacre l’archevêque Joachime de Tsaish et Bedia catholicos d’Abkhazie ;la séparation devient officielle en 1470.
En 1477, Uzun Hasan, le chef des TurcomansAq Qoyunlu (Mouton Blanc), ravage le Karthli et pille la capitale, Tiflis. Incapable de défendre son patrimoine, Bagrat doit se résigner à signer une paix prévoyant le versement d'un tribut de 16 000 ducats. Le roi meurt l'année suivante.
Mariage et descendance
Bagrat VI épouse une certaine Hélène, morte le , dont il a eu un fils :
Marie-Félicité Brosset, Histoire de la Géorgie. Tome II : Histoire moderne de la Géorgie, Réédition Adamant Media Corporation (ISBN0543944808), p. 249-251.