En 2018, il rejoint l'US Orléans. Dans un premier temps intégré à l'équipe réserve, il devient meilleur buteur de celle-ci avec 12 réalisations, et signe son premier contrat professionnel avec le club le [5].
Le 31 janvier 2020, Aurélien Scheidler est recruté par le Dijon FCO, mais il est laissé à son club d'Orléans jusqu'à la fin de la saison[7].
Il joue son premier match en Ligue 1 avec Dijon le 22 août, lors de la réception du SCO d'Angers (défaite 0-1). Six jours plus tard, il inscrit son premier but en Ligue 1, sur la pelouse de l'Olympique lyonnais (défaite 4-1)[8].
AS Nancy-Lorraine
Le , il est prêté sans option d'achat à l'AS Nancy-Lorraine jusqu'à la fin de saison[9]. Il joue son premier match le face aux Chamois niortais (2-2 score final)[10]. Scheidler inscrit son premier but le , lors de la 27e journée face à Châteauroux lors d'une large victoire par quatre buts à un[11]. Il récidive dès la journée suivante face à Caen en marquant le seul but de la rencontre de la tête, offrant ainsi la victoire à son équipe[12].
Retour à Dijon
Aurélien Scheidler retourne au Dijon FCO à l'issue de son prêt. Le club vient d'être relégué en deuxième division après avoir terminé dernier lors de la saison précédente. Il retrouve la forme sous les ordres de Patrice Garande, terminant meilleur buteur du club lors de la saison 2021-2022 avec douze réalisations, ce qui le place également à la sixième place des meilleurs buteurs du championnat. Le Dijon FCO termine cependant à la onzième place[13].
SSC Bari
Lors de l'été 2022, Aurélien Scheidler est notamment approché par le FC St. Pauli mais l'offre du club allemand est repoussée par Dijon[14]. Inutilisé depuis le début de la nouvelle saison, Scheidler s'engage finalement avec le SSC Bari le . Il signe un contrat courant jusqu'en juin 2026[15].
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