Son nom est inspiré du titan Atlas de la mythologie grecque. La dérivation a été reflétée dans le logo de la société utilisée de 2011 à 2017 à travers une figure bleue en forme de x en train de tenir ce qui est montré comme le fond du ciel[réf. nécessaire].
Elle avait, en 2010, 225 employés localisés à Sydney, San Francisco et Amsterdam[4], et compte en 2016 plus de 1 760 employés[2].
En novembre 2015, Atlassian annonce un chiffre d'affaires de 320 millions de dollars et Shona Brown(en) est nommée à son conseil d'administration. Le 10 décembre 2015, Atlassian commencé son offre publique initiale sur la Bourse NASDAQ sous le symbole TEAM, mettant sa capitalisation boursière à 4,37 milliards de dollars[7].
En janvier 2017, Atlassian rachète Trello pour une valeur de 425 millions de dollars[2].
En octobre 2020, Atlassian annoncé la fin de la prise en charge de ses produits Server, voire que les ventes se termineront en février 2021, afin de se concentrer les activités Cloud et Data Center[8].
