Les cinq jeux fonctionnent sur le même principe : il s'agit de jeux d'aventureà la première personne pour un seul joueur, dans lesquels le joueur explore des environnements en 3D, interagit avec les personnages, manipule des objets et résout des énigmes pour progresser dans l'histoire. Les Atlantis se distinguent d'autres titres du même genre comme Myst par le fait que l'environnement n'est pas constitué d'images par défaut statiques, mais permet au joueur de regarder dans toutes les directions à 360°. Le curseur reste au centre de l'écran et c'est l'environnement qui défile lorsque le joueur déplace la souris (ou appuie sur les flèches de la manette).
Univers et histoire
Les trois premiers Atlantis et le roman de Bordage
Les trois premiers Atlantis développent le même univers et forment une intrigue d'ensemble cohérente. Dans cet univers, l'Atlantide existe et développe dès la Préhistoire une civilisation raffinée à la technologie avancée. La technologie atlante est caractérisée par d'élégants vaisseaux volants en forme de barques de bois dotées de mâts latéraux ; les vaisseaux tirent leur énergie de cristaux qui leur permettent de générer des « voiles » immatérielles autour de leurs mâts lorsqu'ils s'envolent. Les intrigues des trois jeux se déroulent à des époques très éloignées les unes des autres : Atlantis : Secrets d'un monde oublié se déroule pendant la Préhistoire, Atlantis II en 1054 apr. J.-C. et Atlantis III : Le nouveau monde en 2020. Les personnages principaux sont différents. Mais les trois jeux partagent les références à la même vision de l'Atlantide, dont les vaisseaux volants apparaissent ponctuellement, au moins sous forme de références indirectes. Le roman de Pierre BordageAtlantis, les fils du rayon d'or, réalisé sur commande peu après la sortie d’Atlantis : Secrets d'un monde oublié, se déroule avant l'histoire principale de ce jeu, dont il met en place les ressorts dramatiques.
Les quatrième et cinquième Atlantis
En 2004, Atlantis Evolution marque la volonté des développeurs de démarrer un univers différent, quoique reprenant le même thème : le jeu ne fait plus référence aux titres précédents et la technologie des Atlantes n'y prend plus la même forme[5].