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L'Atlético Nacional crée son équipe féminine le 25 août 2009. Diego Bedoya est nommé entraîneur,
L'Atlético Nacional participe au championnat colombien, la Liga Femenina, à partir de 2018. Auparavant, elle avait participé à des tournois de qualification pour la Copa Libertadores ou encore à la Liga Antioqueña, le championnat du département de Medellín[1]. Pour sa première participation, les Verdolagas éliminent le favori et tenant du titre, Santa Fe, en demi-finale (1-1, 3-2)[2] avant de perdre aux tirs au but en finale contre l'Atlético Huila (1-0, 1-2, 3-0)[3].
Le club se construit principalement autour de son académie. C'est un des rares clubs féminins sud-américains à avoir une école de formation[4].
En 2019 et en 2020, le Nacional est éliminé en quarts de finale de Liga Femenina par l'América de Cali[5],[6].
À l'orée de la saison 2023, le club signe un accord avec Formas Íntimas pour améliorer la compétitivité de l'équipe[7].
Lors du championnat 2023, le Nacional est éliminé par Santa Fe en demi-finale (1-1, 0-4), mais sa troisième place lors de la saison régulière lui offre un ticket pour la Copa Libertadores, disputée en Colombie[8]. Le club se renforce avec notamment le recrutement des internationales colombiennes Marcela Restrepo et Yoreli Rincón[9],[10]. Emmenée par ces dernières et leurs coéquipières en sélection Daniela Montoya et Manuela González, l'équipe remporte le premier match international de son histoire en dominant le Caracas FC 3-0[11]. Le Nacional atteint la demi-finale, et tombe face au tenant du titre Palmeiras (3-1)[12].