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Fondé le sous le nom de SS Excelsior, le club devra attendre 1974 pour remporter pour la première fois le titre de champion de la Réunion.
Après de longue années d'absence dans l'élite entre la fin des années 70 et début des années 90, le club saint-josephois font leur retour en D1P en 1994 mais vont réaliser la pire saison de l'histoire pour un club en Division à la Réunion avec 0 victoires sur 22 journées en championnat (D1P à 12). Deux années plus tard, l'Excelsior fait son retour en D1P mais se maintient in extremis et surtout profite du passage de la D1P à quatorze l'année suivante.
Durant le début des années 2000, le club aura toujours connu le haut de tableau sans parvenir à terminer champion de la Réunion. Néanmoins, il remporte la coupe de la Réunion deux fois de suite en 2004 et 2005. Lors de la saison 2005, les "Tangos" finissent meilleure défense du championnat avec 5 buts encaissés seulement en 26 matches.
Le , l'équipe se qualifie pour le 8e tour de la Coupe de France en battant 1-0 l'équipe Quimper Cornouaille FC[2]. Mais les Tangos s'inclinent au 8e tour face au club du SCO Angers (Ligue 2) sur le score de 5-0.
En 2016, l'Excelsior parvient à atteindre les 32e de finale en disposant, en métropole, de l'Avoine Olympique Chinon Cinais, club de CFA2[3], puis du FC Mulhouse (CFA) à domicile. Ils affrontent en 32e de finale le LOSC Lille (Ligue 1) début [4] au stade Pierre Mauroy et se font éliminer sur le score de 4 à 1.