Bien qu'il ait été surtout organiste, Martín y Coll a également écrit quelques traités (en 1714 et 1734). Cependant, sa renommée aujourd'hui repose sur les quatre volumes des Flores de música (1706-1709), une compilation de centaines de pièces pour le clavier, pratiquement toutes anonymes. Étant donné que ces œuvres étaient célèbres à l'époque de la compilation, il est possible que le public d'alors connaissait leurs auteurs. Les experts d'aujourd'hui ont réussi à attribuer une grande partie de ces œuvres à l'autorité d'Arcangelo Corelli, Georg Friedrich Haendel, Girolamo Frescobaldi, Joan Cabanilles et Antonio de Cabezón.
Le cinquième volume des Flores de música, intitulé Ramillete oloroso: suabes flores de música para órgano, contient surtout de la musique pour cet instrument. On pense qu'en général, les œuvres de ce volume sont des compositions de Martín y Coll en personne. Deux d'entre elles sont des variations sur La folia, une composition de vaste dimension Diferencias sobre las folías et une plus brève, Folías.