En il quitte le PRI et rejoint la campagne présidentielle de Vicente Fox, le candidat du Parti action nationale (PAN). Après l'élection de ce dernier en , Durazo devient son secrétaire particulier, puis son porte-parole en 2003.
Alfonso Durazo Montaño démissionne de ses fonctions en 2004 et adresse alors de fortes critiques envers l'administration de Fox[3].
En , il soutient de nouveau la campagne de López Obrador à l'élection présidentielle. Il est alors directeur général de l'association Mouvement de régénération nationale (MORENA) dans l'État de Sonora.
De 2012 à 2015 il siège comme député fédéral sous la LXIIe législature du Congrès mexicain, période pendant laquelle il a aussi été président du groupe parlementaire de Morena.
En , Durazo déclare dans un entretien à El País que pour combattre l'insécurité, outre les tables rondes de la paix proposées par le président et destinées à recueillir le point de vue et les propositions de la société civile, son action politique sera axé sur la lutte contre la corruption, les programmes sociaux et la capacitation policière. Il affirme à cette occasion qu'il ne serait pas viable de retirer tout de suite l'armée des rues étant donné la situation actuelle de violence au Mexique, mais que son objectif est de former la police pour qu'elle reprenne sa place et remplace progressivement l'armée en matière de sécurité publique[5].
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