En , Avila est nommé vice-président et assistant directeur général des Marlins. Il est brièvement directeur général par intérim entre les saisons 2001 et 2002 lorsque celui qui occupait ce poste, Dave Dombrowski, quitte pour accepter un emploi à Détroit.
Pirates de Pittsburgh
Le , Al Avila rejoint les Pirates de Pittsburgh et occupe pendant quelques mois la fonction d'assistant spécial au directeur général Dave Littlefield.
Tigers de Détroit
Après un court passage à Pittsburgh, Al Avila est engagé par les Tigers de Détroit le comme assistant à son ancien patron chez les Marlins, Dave Dombrowski. Il occupe ces fonctions pendant plus de 13 ans.
Le , les Tigers libèrent Dombrowski de son contrat afin que ce dernier puisse « poursuivre de nouvelles opportunités de carrière » et Al Avila lui succède comme directeur général du club et vice-président des opérations baseball[4].