Akona Ndungane évolue en Currie Cup avec les Border Bulldogs avant d'être prêté aux Blue Bulls deux ans. En 2005, il débute dans le Super 12 avec les Bulls et il réussit 7 essais en 11 matchs. En 2006, il joue 13 matchs (3 essais inscrits) dans le Super 14 et 14 matchs en 2007 (un seul essai). 2007 est une grande année. Akona Ndungane participe à la bonne saison des Bulls en Super 14, compétition qu'ils remportent après avoir commencé lentement pour finir en trombe. Ils affrontent en finale d'autres Sud-africains, les Sharks. Ils remportent le Super 15 dans les arrêts de jeu.