Aimé Chavan suit les cours du Collège cantonal, du Gymnase classique puis de la Faculté de théologie ou il obtient sa licence en 1897.
Consacré au Saint-Ministère en , suffragant à Chexbres de 1897 à 1900, Aimé Chavan est nommé pasteur à Grandson où il demeure de 1900 à 1912.
Chargé de cours à la Faculté de théologie de 1904 à 1912, il devient professeur extraordinaire puis est nommé professeur ordinaire de théologie historique. Nommé recteur de l'Université de Lausanne de 1916 à 1918 puis doyen de la Faculté de théologie de 1920 à 1922.