Le , il est nommé Premier ministre[2] et prête serment le 4 avril suivant[5]. Il est chargé de former un « gouvernement de crise »[6]. Toujours en avril 2016, la faction basée à Sanaa du Congrès général du peuple annonce son expulsion du parti[7]. En juin 2016, son gouvernement s'installe à Aden[8]. Le , ben Dagher et sept des trente-deux ministre rentrent à Aden de manière permanente, tandis que le reste du gouvernement s'installerait à Marib à une date ultérieure[9].
Le , et alors que le pays est en déficit, il annonce le premier budget depuis le début de la guerre[10].
Le jour même, le Conseil de transition du Sud adresse un ultimatum de sept jours au président Abdrabbo Mansour Hadi pour limoger le gouvernement de ben Dagher, qu'ils accusent de « corruption »[11], et le remplacer par un gouvernement de technocrates, sans quoi il nommerait son propre gouvernement[12]. Le , peu après l'expiration de l'ultimatum, les séparatistes prennent le contrôle du siège du gouvernement[13]. Le 30 janvier, les forces fidèles au STC contrôlent la quasi-totalité de la ville[14]. En fin de journée, les combats cessent, après une médiation de la coalition[15]. À l'issue de ces négociations, les séparatistes rendent trois bases militaires à l'armée, et lèvent le siège du palais présidentiel al-Maachiq[16].
À partir de 2015, dans le contexte de la guerre civile yéménite, les Émirats arabes unis commencent à administrer de fait l'île de Socotra, construisant de nouvelles infrastructures, des réseaux de télécommunication, demandant aux habitants de signer des contrats de travail avec eux, font leurs propres recensement des populations locales, puis, en 2018, se déploient militairement sur l'île, ce que condamne le gouvernement yéménite, au nom de sa souveraineté sur l'île[17]. Le , des troupes saoudiennes débarquent à leur tour, à la demande du gouvernement yéménite pour former ses troupes[18], puis les deux forces se retirent au profit de l'armée gouvernementale dès le lendemain [19].
En 2020, il déclare au sujet des Saoudiens : « je pensais que vous n'aviez qu’un seul objectif, à savoir combattre les houthistes et l’emprise iranienne sur le nord du pays. Or aujourd'hui, ce n’est plus un secret pour personne que la lutte contre les houthistes n’est qu'un prétexte pour brouiller les cartes et faire passer le projet de la division du pays »[21].
