Nommé préfet des Pyrénées-Orientales à la fin du même mois, il passe préfet de Corse en , mais est appelé aux fonctions de trésorier-payeur général du département de la Mayenne dès . Devenu trésorier-payeur général de la Vienne en , il prend les fonctions de préfet de la Haute-Loire en .
Nommé dans les Vosges en , il devient gouverneur des colonies en poste à La Réunion le 26 juillet 1906. En 1907, Victor Augagneur, gouverneur général de Madagascar, propose le rattachement de l'île à Madagascar. Le 17avril , Bonhoure est informé du projet. Il rend son avis le 1erjuillet où il critique[3] les arguments d'Augagneur en soulignant les enjeux internes en cas d'application de cette réforme, en estimant irréalisable les économies mises en avant, en mettant en avant le non respect de la constitutionnalité et en estimant par contre que la colonie de Mayotte et dépendances peut être rattacher à Madagascar. Dans son rapport, il reconnait cependant que la Réunion pourrait réduire son budget dans les services judiciaires sans remettre en cause le fonctionnement général. Lucien Gasparin et Pierre Édouard Augustin Archambeaud, deux députés réunionnais, s'insurgent eux aussi contre ce projet considéré comme une perte de prestige et comme une injure de la part de la métropole. Le 15septembre , de nombreux habitants manifestent au Jardin Colonial et le 19, Bonhoure est sommé de s'expliquer[4]. Le 3décembre , Augagneur expose son projet au conseil des ministres. Le projet sera abandonné quelques années plus tard avec le déclenchement de la Première Guerre mondiale[5].
Il passe à la tête des établissements français de l'Inde en . De à , il est haut-commissaire par intérim en Nouvelle-Calédonie. Gouverneur des établissements français de l’Océanie de 1910 à 1912, il devient ensuite gouverneur de la Côte française des Somalis de 1913 à 1914 où il interdit, via un arrêté du 27octobre 1913, tout recrutement d'indigènes sujets français ou protégés étrangers en vue d'exhibitions[6].
Madeleine Souche, « Jules Adrien Jean Bonhoure », in Patrick Cabanel et André Encrevé (dir.), Dictionnaire biographique des protestants français de 1787 à nos jours, tome 1 : A-C, Les Éditions de Paris Max Chaleil, Paris, 2015, p. 363 (ISBN978-2846211901)