Il porta à vingt reprises le maillot de la sélection argentine marquant 7 buts mais n'eut pas l'occasion de disputer une Coupe du monde.
Carrière d'entraîneur
À partir de 1950 Pedernera est aussi devenu entraîneur des Millonarios, gagnant le championnat de Colombie à trois reprises (1951, 1952, 1953), la Copa Colombia en 1953 et la pequeña Copa del Mundo, un ancêtre de la coupe intercontinentale dans la même an, battant plusieurs fois le grand Real Madrid lors de tournées en Europe.
Pedernera retourna ensuite en Argentine joueur pour le club de ses débuts, Huracán. Avec Boca Juniors Pedernera gagné le championnat de l'Argentine de 1965.
Carrière de directeur technique
Il fut aussi le directeur technique de l'équipe d'Argentine, en 1969, le temps de 4 matchs.