En 1991, avec la fin du régime soviétique, la recherche scientifique lituanienne fut réorganisée.
Le premier président de l'Académie des sciences lituanienne fut le ministre de l'Éducation puis des Affaires étrangères, Vincas Krėvė-Mickevičius, auquel succédera Mykolas Biržiška, puis Vladas Jurgutis, Juozas Matulis, Juras Požela, Benediktas Juodka et Zenonas Rokus Rudzikas.
Elle a fondé plusieurs institutions et fondations scientifiques. Elle édite des publications et des manuels scolaires. Elle organise des colloques et des conférences. L'Académie remet 15 Prix et récompenses et encourage les jeunes scientifiques et les étudiants à s'engager dans la recherche en accordant chaque année 10 Prix aux jeunes scientifiques et 15 Prix aux étudiants. En 2001, l'Académie a célébré le 60e anniversaire de la remise des Prix. Depuis 2008, en partenariat avec la banque de Lituanie, est organisé le Prix Vlado Jurgučio.
Départements scientifiques
Départements des sciences humaines et des sciences sociales, dirigé par le professeur Leonardas Sauka
Département de chimie, physique et de mathématiques, dirigé par le professeur Valdemaras Razumas
Département de biologie, médecine et sciences de la terre, dirigé par le professeur Vytas Antanas Tamošiūnas
Département de l'agriculture et des sciences forestières, dirigée par le professeur Albinas Kusta
Département des sciences, des techniques et de l'ingénierie, dirigée par le professeur Vytautas Ostaševičius