Auparavant, il était appelé aéroport international d'Islamabad. Il a été renommé le par l'ancien Premier ministre Youssouf Raza Gilani (Parti du peuple pakistanais) en la mémoire de l'ancienne Premier ministre Benazir Bhutto (Parti du peuple pakistanais), qui avait été assassinée à Rawalpindi six mois auparavant.
Durant l'année fiscale 2007-2008, environ 50 000 vols et 4,8 millions de passagers ont transité par cet aéroport, ce qui en fait le deuxième plus grand du pays quant au trafic passagers.
Un nouvel aéroport a été construit près d'Islamabad à une vingtaine de kilomètres de Rawalpindi, a été inauguré en mai 2018, et est le plus grand du Pakistan.