En , Don García de Mendoza, vice-roi espagnol du royaume du Chili, arrive à Concepción à la tête d'une importante armée et s'établit à Quiriquina. Il utilise alors l'île comme base à partir de laquelle il lance ses campagnes contre les indiens Mapuche, ces combats sont connus sous le nom de guerre d'Arauco.
Pendant la Première Guerre mondiale, le gouvernement chilien utilise Quiriquina comme camp d'internement pour l'équipage du croiseur allemand SMS Dresden. Wilhelm Canaris, qui a alors le grade de lieutenant, s'échappe de l'île en compagnie de deux codétenus.
Au nord-ouest de l'île se trouve le phare de Quiriquina. Au sud-est est situé le Fort Rondizzoni, comprenant des dortoirs, un mess, des latrines et une infirmerie, destinés alors aux gardes du camp[4].
(es) Francisco Solano Asta-Buruaga y Cienfuegos, Diccionario geográfico de la República de Chile, 2e édition corrigée et augmentée, New York, D. Appleton y Compañía, 1899, [lire en ligne], p. 632