Ces églises ont eu un rôle très important dans l'histoire des Philippines, non seulement en répandant le Christianisme dans l'archipel, mais aussi comme soutien essentiel de la politique coloniale espagnole, quand l'Église et l'État étaient indissociables. Leur architecture unique reflétait non seulement l'adaptation de l'architecture espagnole/latino-américaine à l'environnement local (en intégrant notamment des motifs chinois), mais aussi l'influence politique de l'Église.
Ces églises étant la cible d'attaques dans des révoltes et rébellions locales, elles ont l'aspect de forteresses autant que d'églises. L'église Sainte-Marie de Manille, en particulier, située sur une colline, servit de citadelle. L'église de Miag-ao fut attaquée par les musulmans du sud. En plus, comme elles se trouvent sur la ceinture de feu du Pacifique, les architectes prêtèrent une attention particulière à leurs fondations et à leurs contreforts, pour les rendre plus résistantes aux tremblements de terre; leur style fut donc appelé « baroque des tremblements de terre ». L'église de Manille est le seul édifice d'Intramuros ayant survécu à la Seconde Guerre mondiale.
Protection étendue
La Commission nationale pour la culture et les arts des Philippines a aussi désigné 26 autres églises de l'époque coloniale pour être protégées. Elles sont considérées comme des trésors culturels nationaux.
