Cygnaeuksen vanhemmat olivat kirkkoherra Zacharias Cygnaeus (1700−1774) ja Elisabet Helsingius. Hän kirjoitti ylioppilaaksiTurussa 1754 ja vihittiin papiksi Porvoossa 1755, minkä jälkeen toimi Loviisankappalaisen apulaisena. Hän tuli 1763 Mäntyharjulle mielisairaan isänsä avustajaksi ja 1775 tämän seuraajaksi. Cygnaeus oli pappina valistushenkinen ja tuli ilmeisesti tästä syystä kuningas Kustaa III:n suosioon ja sai 1792 nimityksen Porvoon piispaksi.[2]
Cygnaeus toimi vuoden 1800 valtiopäivillä kirkollisvaliokunnan puheenjohtajana. Hän oli hengellisenä puhujana tunnettu ja kiitetty kautta maan.[3] Cygnaeuksen ensimmäinen puoliso vuodesta 1761 oli Helena Dorotea Willström (k. 1770) ja toinen vuodesta 1773 Emerentia Af Enehjelm (k. 1825). Ensimmäisestä avioliitosta syntyneestä pojasta Zachariaksesta tuli myös Porvoon piispa.
