Ylilääkäri on johtotehtävissä, kuten palveluyksikön johtajana, toimiva lääkäri. Terveyskeskuksissa, sairaaloissa ja niiden eri osastoilla työskentelee ylilääkäri, jonka esisijainen tehtävä on toimia kliinistä työtä tekevien lääkäreiden esimiehenä ja/tai vastata yksiköiden lääketieteellisestä toiminnasta. Hallinnollisen työn lisäksi ylilääkäri voi tehdä myös kliinistä työtä.
Suomen puolustusvoimissa on kirurgian ylilääkäri, joka toimii ensihoidon koulutuksen vastuualueen asioissa.
Muun muassa kansaneläkelaitoksen entinen pääjohtaja Jorma Huuhtanen on ylilääkäri.
