Marathoniin matkusti 25 juoksijaa, mutta heistä vain 17 osallistui kilpailuun. Albin Lermusiaux otti johdon kisan alkuvaiheessa kuten 1 500 metrin juoksussakin. Edwin Flack ja Arthur Blake pitivät toista ja kolmatta sijaa ennen kuin Blake keskeytti 23 kilometrin kohdalla. Yhdeksää kilometriä myöhemmin myös Lermusiaux joutui keskeyttämään, joten Flack nousi kärkeen. Samaan aikaan Kreikan Spiridon Luis alkoi kiriä eroa kiinni. Flack yritti pitää kärkipaikkansa näännyksiin saakka, mutta lopulta, vain nelisen kilometriä ennen maalia, hän keskeytti. Näin Luis jäi yksin kärkeen ja voitti kisan juosten matkan hieman alle kolmessa tunnissa. Vasilakos oli toinen ja hänen jälkeensä pronssista kamppailivat Spiridon Belokas ja Gyula Kellner. Belokas ehti maaliin viittä sekuntia aiemmin, mutta hänet hylättiin myöhemmin, sillä selvisi että hän oli taittanut osan matkastaan hevoskärryissä.
