Kaikissa ottelupareissa ensimmäisen osaottelun kotijoukkue on ilmoitettu ensin.
Ensimmäinen kierros
32 joukkuetta pääsivät suoraan ensimmäiselle kierroksella. Mukaan tuli myös toisen karsintakierroksen 32 voittajaa ja 16 hävinnyttä joukkuetta Mestarien liigan kolmannelta kierrokselta. 80 joukkuetta on jaettu kahdeksaan 10 joukkueen ryhmään; 5 sijoitettua ja 5 sijoittamatonta joukkuetta. Joukkueet pelaavat kaksi ottelua, kotona ja vieraissa. Jokaisten otteluparien voittajat pääsevät lohkovaiheeseen.
Joukkueet jaetaan kahdeksaan lohkoon ja kussakin lohkossa on 5 joukkuetta. Kaikki pelaavat jokaista vastaan vain kerran. Kaikkien lohkojen 3 parasta joukkuetta selviää pudotuspeleihin.
Jos lohkoissa päädytään tasapisteisiin, lohkosijoitukset ratkaistaan seuraavasti:
joukkueiden kaikkien otteluiden maaliero
joukkueiden kaikkien otteluiden tehdyt maalit
joukkueiden kaikkien vierasotteluiden tehdyt maalit
Pudotuspelien ensimmäiselle kierrokselle selvisivät lohkojen ensimmäiseksi, toiseksi ja kolmanneksi sijoittuneet sekä Mestarien liiganlohkovaiheessa kolmanneksi sijoittuneet, yhteensä 32 joukkuetta. Ensimmäisellä kierroksella samaan ottelupariin ei voi päästä kahta joukkuetta samasta maasta.
Ensimmäisen pudotuspelikierroksen arvonta suoritettiin 19. joulukuuta2008.