Tähän artikkeliin tai osioon ei ole merkitty lähteitä, joten tiedot kannattaa tarkistaa muista tietolähteistä. Voit auttaa Wikipediaa lisäämällä artikkeliin tarkistettavissa olevia lähteitä ja merkitsemällä ne ohjeen mukaan.
Thomaskirchen paikalla on sijainnut kirkkorakennuksia jo 1100-luvulta lähtien. Nykyisen goottilaista arkkitehtuuria edustavan rakennuksen vihki katoliseksi kirkoksi 10. huhtikuuta1496 Merseburgin piispa. Uskonpuhdistaja Martti Luther saarnasi kirkossa vuonna 1539. Nykyisin kirkko on luterilainen.
Kirkon torni on rakennettu 1537. Nykyisen 68 metrin korkeutensa se sai vuoden 1702 korjausrakennustöissä. Vuonna 1950 kirkkoon siirrettiin Johann Sebastian Bachin jäännökset toisessa maailmansodassa tuhoutuneesta Leipzigin Johanneskirchestä eli Johanneksenkirkosta. Kirkon nykyinen, vuonna 1993 asennettu goottilainen alttari, on peräisin kommunistiviranomaisten vuonna 1968 tuhoamasta Leipzigin yliopiston Paulinerkirchestä.
Kuoro
Sauerin rakennuttamat urut.
Thomaskirchen kuoro, Thomanerchor, perustettiin vuonna 1212. Se on vanhimpia ja tunnetuimpia saksalaisia poikakuoroja. Kuoroa johtaa kirkon kanttori. Johann Sebastian Bach toimi virassa vuosina 1723–1750.
Urut
Kirkossa on kahdet urut. Vanhemmat on rakennettu 1885–1889. Ne rakensi Wilhelm Sauer. Romanttiset urut eivät kuitenkaan sovi yhteen kirkkoa tunnetuksi tehneen Bachin musiikin kanssa, ja siksi vuosina 1999–2000 kirkkoon asennettiin toiset, Gerard Woehlin urkurakentamon rakentamat urut.
