Skisma sai alkunsa sen jälkeen, kun Gregorius XI oli valtakautensa lopulla siirtänyt paavinistuimen Avignonista takaisin Roomaan. Hänen jälkeensä paaviksi valittiin Urbanus VI, mutta eräät ranskalaiset kardinaalit eivät tätä valintaa hyväksyneet, vaan valitsivat oman paavinsa Klemens VII:n Avignoniin. Kumpikin paavi julisti toisensa kannattajineen pannaan.
Kummallekin paaville ehdittiin valita jo seuraajiakin, ennen kuin Pisassa vuonna 1409 kokoontui kirkolliskokous, joka yritti tehdä skismasta lopun. Kokouksessa valittiin paaviksi Aleksanteri V, mutta kumpikaan entisistä paaveista ei suostunut eroamaan eikä tunnustanut päätöstä päteväksi tai edes tätä kirkolliskokousta lailliseksi. Niinpä tämän jälkeen eri tahoilla paaveina pidettyjä henkilöitä oli kolme. Aleksanteri V:tä seurasi vuotta myöhemmin Johannes XXIII.
Vasta Konstanzin kirkolliskokous (1414–1418) onnistui lopettamaan skisman. Se erotti kaikki kolme silloista paavia ja valitsi uudeksi paaviksi Martinus V:n, jonka lopulta kaikki hyväksyivät.
Myöhempinä aikoina katolinen kirkko on tunnustanut skisman aikaisista paaveista laillisiksi vain ns. Rooman linjan paavit, Urbanus VI:n seuraajineen. Muita samanaikaisia, Avignonin ja Pisan linjan paaveja pidetään vastapaaveina.
