26. joulukuuta 1240 Sienan podestà määräsi veron Sienan kansalaisille, jotka majoittivat kaupungissa toimivan Studium Senesen opiskelijoita. Saadut varat käytettiin tämän oppilaitoksen opettajien (maestri) palkkoihin.[1] Vuonna 1250 paavi Innocentius IV julisti koulun opiskelijat ja opettajat vapaiksi kaikista Sienan kaupungin määräämistä veroista tai työvelvollisuuksista. Tämän lisäksi kaupunginhallitus vapautti oikeustieteen ja latinan opettajat asepalveluksesta, ja jälkimmäiset myös yövartijan tehtävästä. Koulun lääketieteellisen tiedekunnan opettajista merkittävimpiä oli Pietro Ispano, joka oli huomattava filosofi ja keisari Fredrik II:n henkilääkäri, ja joka valittiin 1276 paaviksi nimellä Johannes XXI.[1] Vuonna 1321 Sienaan siirtyi runsaasti opiskelijoita Bolognan yliopistosta[1][2], jotka protestoivat erään yliopiston opiskelijan tuomitsemista kuolemaan väitetystä naisenryöstöstä.[3]
Muuttuva yliopisto
Vuonna 1357 keisari Kaarle IV kohotti Sienan studiumin Studium generalen asemaan.[1] Tämä asetti yliopiston opettajat ja opiskelijat keisarikunnan suojelukseen, ja vahvisti yliopiston myöntämien lisensiaatin tutkintojen, licentiae docendi, yleismaailmallisuuden (licences ubique docendi), mikä oikeutti niiden suorittajat toimimaan opettajina yliopistoissa ympäri kristittyä Eurooppaa.
1400-luvun alussa yliopisto sai oman rakennuksen Casa della Sapienza ("Viisauden talo"), jossa oli sekä luentosaleja että asuntoja opiskelijoille.[1] Ensimmäiset opiskelijat asettuivat taloon 1416; tuolloin asuminen ja ruoka maksoivat viisikymmentä floriinia lukukaudelta.[3]
1300-luvun puolivälistä alkaen Siena oli menettänyt vaikutusvaltaansa Toscanassa ja jäänyt yhä enemmän Firenzen varjoon. Firenze kukisti Sienan tasavallan v. 1555, mutta kaupungin viranomaiset saivat Medicit (joista oli tullut Firenzen perinnöllisiä herttuoita) säilyttämään yliopiston. Medicien valtakaudella yliopistoa kehitettiin edelleen, ja rehtorin virka perustettiin.[3]
Vuonna 1737 Medicien suku sammui, ja valta Toscanassa siirtyi Lothringenin suvulle. Toscanalainen taloustieteilijä Sallustio Bandini onnistui saamaan yliopistolle rikkaita tukijoita, ja kokosi huomattavan kirjaston, jonka jätti perintönä yliopistolle.[3]
Risorgimenton aikana sienalaiset ylioppilaat perustivat useita isänmaallisia järjestöjä. Vuoden 1848 kapinoiden aikaan joukko yliopiston opettajia ja opiskelijoita perusti oman kaartin, Compagnia della Guardia Universitaria, joka osallistui Curtatonen ja Montanaran taisteluihin. Suurherttua Leopold II huolestui tasavaltalaisesta intoilusta, ja sulki lääketieteellisen tiedekunnan, antaen vain oikeustieteellisen ja teologisen tiedekunnan jatkaa.[1]
Toisen Italian itsenäisyyssodan jälkeen 1859 Toscana ja Siena olivat päätyneet Sardinian kuningaskunnan alaisuuteen, josta oli syntyvä Italian kuningaskunta. Yliopistosta tuli tällöin valtion laitos.[2] Se toipui levottomuuksista, sen lääketieteellinen tiedekunta avattiin ja Santa Maria della Scalan vanhasta sairaalasta tuli yliopistollinen sairaala. 1880-luvulla myös oikeustieteellisen tiedekunnan opetusta uudistettiin.
Moderni yliopisto
Vuonna 1892 Italian opetusministeri Ferdinando Martini ehdotti useiden pienten yliopistojen lakkauttamista, Sienan yliopisto mukaanluettuna. Sienalaiset ottivat tämän sodanjulistuksena, ja koko kaupunki nousi vastustamaan lakkautusaikeita. Yhtenäisen vastarinnan edessä lakkautusehdotus vedettiin pois.[1] Tästä uhkasta selvittyään yliopisto jatkoi kasvuaan ja kehitystään; Monte dei Paschi di Sienan pankki mm. rahoitti uuden biologian laitoksen perustamisen. Opiskelijoiden määrä on kasvanut maailmansotien välisen ajan noin neljästäsadasta nykyiseen lähes kahteenkymmeneen tuhanteen.[3]
Sienan yliopisto juhli 750-vuotista taivaltaan vuonna 1990.[3]
Yksiköt
Vuodesta 2012 alkaen yliopisto on jaettu viiteentoista laitokseen, jotka on jaettu neljään ryhmään.
Kukin laitos tarjoaa opetusta sekä perus- että jatko-opiskelijoille.
Aiemmin Sienan yliopistossa oli yhdeksän tiedekuntaa: taloustieteiden, tekniikan, humanististen tieteiden ja filosofian (Sienassa ja Arezzossa), oikeustieteen, matematiikan ja luonnontieteiden, lääketieteen ja kirurgian, farmasian ja valtiotieteiden tiedekunnat.[2]
Yliopistoon kuuluu myös kasvitieteellinen puutarha, Orto Botanico dell'Università di Siena joka juontaa juurensa 1500-luvulle asti.