Sekretiini osallistuu ruoansulatuskanavanhappamuuden säätelyyn. Sekretiinin eritys käynnistyy, kun mahasta saapuu hapanta ruokasulaa pohjukaissuoleen. Sekretiinin vaikutuksesta mahan parakriinisolujen haponeritys vähenee. Samalla se saa haiman rauhasten sentroasinaarisolut erittämään enemmän bikarbonaattia, joka pohjukaissuoleen saapuessaan neutraloi ruokasulan happamuutta ja suojelee näin suolistoa vaurioilta.
Maksassa sekretiini lisää sapen tuotantoa. Sekretiinin eritys toimii yhdessä kolekystokiniinin kanssa, joka saa aikaan sappirakon supistumisen. Tällöin suolistoon saapuva sappi auttaa yhdessä haiman lipaasin kanssa saattamaan ruokasulassa olevan rasvan imeytyvään muotoon.
