Klarissalaisluostari perustettiin 1280-luvulla todennäköiseti nykyisen kirkon paikalle. Vuonna 1527 kuningas Kustaa Vaasa kuitenkin määräsi kivisen luostarin purettavaksi, koska tarvitsi kiviä kaupunginmuurin materiaaliksi.[1] Uuden kirkkorakennuksen rakentamisen aloitti Juhana III vuonna 1572, koska kaikki paikalliset asukkaat eivät enää mahtuneet Suurkirkkoon. Alkuperäisenä arkkitehtina toimi hollantilainen Willem Boy. Kirkkoa on tämän jälkeen laajennettu useaan otteeseen aina 1900-luvulle saakka.[2] Sisustus ja katto jouduttiin uusimaan 1700-luvun jälkipuoliskolla alkuperäisten tuhouduttua tulipalossa. Suunnittelijoina olivat muun muassa Carl Hårleman, Carl Fredrik Adelcrantz ja Jean Eric Rehn. Nykyinen, 105 metriä korkea torni rakennettiin 1884–1888 Helgo Zettervallin piirustusten mukaan. Rakennusta on restauroitu 1906–1907 ja 1965.[3]
Klaaran kirkko on ympäröivän alueen näkyvä maamerkki. Seinät on päällystetty punaisilla ja mustilla klinkkerilaatoilla.[3]
