Talvisodan aikana 21. helmikuuta 1940 kello 12.46 ja 12.55 välisenä aikana Neuvostoliitto pommitti Pajalaa seitsemällä pommikoneella. Kylään pudotettiin 34 räjähdys- ja 100 palopommia, jotka aiheuttivat mittavaa tuhoa tiheään asutussa kylässä. Neljäsosa kylästä syttyi palamaan, mutta henkilövahingoilta säästyttiin. Kirkon ympäristöön putosi useita pommeja, mutta itse kirkko säästyi tuhoilta. Koulun liikuntasalin katon lävisti pommi, joka jäi kuitenkin suutariksi. Kylässä tuhoutui saha, josta ihmiset onnistuivat poistumaan ennen sen katon romahtamista. Pommitus tuhosi kokonaan yhden asuinrakennuksen ja navetan. Irtaimisto saatiin pääosin pelastettua palavista rakennuksista.
Pajalan apulaislääninviskaali raportoi pommituksesta kello 13.00 Luulajaan Norrbottenin lääninmaaherralle ja vahvisti ylilentäneiden seitsemän koneen olleen venäläisiä. Ruotsin hallitus esitti illalla Neuvostoliitolle jyrkän vastalauseen Pajalan pommittamisesta. Edellisen kerran Neuvostoliitto oli pommittanut Pohjois-Ruotsia 14. tammikuuta 1940.[4] Myöhemmin Neuvostoliitto selitti pommituksen syyksi suunnistusvirhettä ja pyysi anteeksi tapahtunutta. Venäläiset luulivat pommittavansa Rovaniemeä, mutta karkea suunnistusvirhe vei heidät Ruotsin puolelle.
