Johnston aloitti valmennusuransa Kanadan yliopistosarjoissa. Vuonna 1994 hänestä tuli Kanadan maajoukkueen apuvalmentaja, ja hän valmensi kaksissa nuorten MM-kisoissa, kuusissa MM-kisoissa ja vuoden 1998 talviolympialaisissa. Vuoden 1999 MM-kisoihin Johnston valittiin Kanadan päävalmentajaksi.[1]