Fortelius kirjoitti ylioppilaaksi vuonna 1973 (Vasa svenska lyceum). Hän valmistui Helsingin yliopistosta filosofian maisteriksi 1979, lisensiaatiksi vuonna 1981 ja filosofian tohtoriksi vuonna 1986. Vuosina 1986–1996 hän toimi Helsingin yliopistossa eläintieteellisen paleontologian dosenttina.[1]
Hän toimi amanuenssina Helsingin yliopiston Geologian laitoksella vuosina 1979–1991, jona aikana vuosina 1982–1984 Suomen Akatemian tutkimusapulaisena vieraillen University College Londonissa 1983–1984. Hän oli intendentti Luonnontieteellisessä keskusmuseossa 1992–2003, tosin toimi vuosina 1993–1996 Suomen Akatemian vanhempana tutkijana ja 1996–2003 Helsingin yliopiston ekologisen paleontologian professorina. Vuodesta 2004 lähtien hän on ollut evoluutiopaleontologian (geologian) professori.[1]