Ağca kuului nationalistisen MHP-puolueen äärioikeistolaiseen militanttiin nuorisojärjestöön, Harmaisiin susiin. Hän opiskeli taloustiedettä ja murhasi vasemmistolaisen Milliyet-lehden toimittaja Abdi İpekçin. Hänet tuomittiin murhasta kuolemaan, joka muutettiin kymmenen vuoden vankeudeksi. Vuoden 1979 lopussa hän karkasi vankilasta sotilaaksi naamioituneena ja pakeni Turkista ulkomaille.[5]
Paaviin osui kolme luotia,[4] joista yksi ylävatsaan. Useita tunteja kestäneen leikkauksen ansiosta paavi onnistuttiin pelastamaan.[6]Murhayrityksen motiiveista ei ole täyttä varmuutta. Ağca on lausunnoissaan kertonut toimineensa yksin ja myöhemmin toimeksiantajansa olleen muun muassa Neuvostoliiton KGB ja myöhemmin katolinen kirkko. Hän on sittemmin perunut molemmat lausunnot.[7]Italiassa on piirejä, kuten rikoksen tutkintaan osallistunut tuomari Ferdinando Imposimato, jotka ovat edelleen täysin vakuuttuneita KGB:n osallisuudesta.[2][1]
2000-luvulla julkaistujen asiakirjojen mukaan Neuvostoliitto oli järjestellyt välikäsien kautta turkkilaiseenäärioikeistolaiseen liikkeeseen kuuluneen Ağcan ampumaan paavin.[8] Tarkoituksena oli ollut peittää kaikki jäljet Neuvostoliiton osallisuudesta. Neuvostoliiton motiivi saattoi olla paavin puuttuminen kotimaansa Puolan asioihin.
Toisaalta taas italialaisen journalistin Marco Insaldon ja turkkilaisen Yasemin Taskinin kirjan mukaan teorialle itäblokin maiden osuudesta ei ole todisteita ja tarinan Bulgarian osallisuudesta kehitti Yhdysvaltain CIA kommunistimaita mustamaalatakseen.[9]
Aukiolla kuvattiin toinenkin asemies, mutta häntä ei ole tavoitettu. Yleisön joukossa on arveltu olleen muitakin ampujia. Ağca tuomittiin elinkautiseen. Joulukuussa 1983 paavi tapasi hänet vankilassa.[3][2] Keskustelun sisältö jäi arvoitukseksi. Paavi itse uskoi, että murhayritys oli etukäteen ennustettu ja että hän jäi henkiin vain, koska neitsyt Maria suojeli häntä.[10]
Vankeus ja vapautuminen
Ağca suoritti tuomiostaan vankilassa Italiassa 19 vuotta.[1] Italian presidentti armahti hänet kesäkuussa vuonna 2000 paavin pyynnöstä, ja hänet karkotettiin Turkkiin. Turkissa hänet vangittiin ja tuomittiin vankilaan Milliyet-lehden johtaja Abdi İpekçin murhasta, joka oli tapahtunut kaksi vuotta ennen hyökkäystä paavia vastaan,[11] ja kahdesta pankkiryöstöstä.[12]
48-vuotias Ağca vapautui 12. tammikuuta 2006.[1] Seuraavana päivänä kerrottiin, että vankeuden pituuteen liittyy epäselvyyksiä, koska Ağca on istunut tuomionsa kahdessa maassa. Turkin oikeusministeri ilmoitti, että vetoomustuomioistuin selvittää, onko Ağca suorittanut koko tuomionsa. 20. tammikuuta 2006 Turkin korkein oikeus päätti, että vankeusaikaa Italiassa ei voida vähentää Turkissa annetusta tuomiosta ja passitti Ağcan takaisin vankilaan. Hän vapautui 18. tammikuuta 2010.[13]
Vapautumisensa jälkeen Ağca vietiin armeijan kutsuntatoimistoon, koska hän ei ollut suorittanut asevelvollisuuttaan Turkissa.[14]
Joulukuussa 2014 Ağca kävi laskemassa paavi Johannes Paavali II:n haudalle kukkia. Hän halusi myös tavata nykyisen paavin, Franciscuksen, mutta Vatikaani torjui pyynnön.[15]
Ağca on katolilaisuuteen vuonna 2007 kääntynyt entinen muslimi.[16]