Nissinen valmistui oikeustieteen kandidaatiksi 1981. Hän sai varatuomarin arvon 1982 ja valmistui oikeustieteen lisensiaatiksi 1997. Lisensiaatintyössään Nissinen käsitteli rikosvastuun kohdentamiseen osakeyhtiössä liittyviä kysymyksiä.[4]
Vuosina 1982–1986 Nissinen työskenteli Kuusankoskenapulaisnimismiehenä ja 1986–1996 Kymen lääninhallituksessa apulaispoliisitarkastajana ja poliisitarkastajana. Kihlakuntauudistuksen yhteydessä hänestä tuli Kouvolan kihlakunnanviraston johtava kihlakunnansyyttäjä, jona hän toimi 1996–1997. Valtakunnansyyttäjänviraston perustamisen yhteydessä Nissinen nimitettiin yhdeksi ensimmäisistä valtionsyyttäjistä, jona hän toimi 1997–2007.[4]
Vuosina 2007–2010 hän työskenteli Itä-Suomen syyttäjänviraston johtavana kihlakunnansyyttäjänä ja viraston päällikkönä.[4]
Tasavallan presidentti nimesi Matti Nissisen valtakunnansyyttäjäksi huhtikuusta 2010 alkaen, kun maan historian ensimmäinen valtakunnansyyttäjä Matti Kuusimäki oli jäänyt eläkkeelle[2].
Valtakunnansyyttäjänä Nissinen toi esiin syyttäjänlaitoksen resurssipulan. Maan syyttäjänvirastoissa työskenteli vuonna 2016 yhteensä 350 syyttäjää, joka oli Nissisen mukaan ainakin 30 henkilöä liian vähän työmäärään nähden. Tämä johti mm. kohtuuttomiin viivästyksiin käsittelyajoissa.[6]
Helmikuussa 2017 Suomen Kuvalehti kertoi, että syyttäjänvirastot ovat ostaneet johtamiskoulutusta Nissisen veljen yhtiöltä, ja Nissinen itse on päättänyt koulutuksen hankinnasta.[11] Tiedon tultua julki keskusrikospoliisi aloitti esitutkinnan Nissisen toimista epäiltynä tuottamuksellisena virkavelvollisuuden rikkomisena, mutta tutkintanimike koventui tutkinnan aikana tahalliseksi virkavelvollisuuden rikkomiseksi. Heinäkuussa 2017 tapaus siirtyi syyteharkintaan oikeuskanslerinvirastoon. Nissinen haki virkavapautta esitutkinnan ajaksi ja virkavapauden päättyessä elokuussa 2017 hänet pidätettiin virantoimituksesta.[12]
Korkein oikeus tuomitsi Nissisen tahallisesta virkarikoksesta sakkorangaistukseen 20. joulukuuta 2017. Hän sai 40 päiväsakkoa, josta kertyi maksettavaa 1720 euroa[13].
Nissinen palasi työhönsä valtakunnansyyttäjänä seuraavana päivänä[14].
Professori Olli Mäenpään mukaan valtakunnansyyttäjän saama rikostuomio heikensi luottamusta koko syyttäjälaitoksen toimintaan[15]. Helsingin Sanomien tekemässä gallup-kyselyssä valtaosa syyttäjistä katsoi, ettei Nissisellä ollut edellytyksiä jatkaa tehtävässään ja hänen tulisi erota[16].
Oikeusministeriö esitti valtioneuvostolle Nissisen irtisanomista 24. tammikuuta 2018[17]. Seuraavana päivänä valtioneuvosto päätti erottaa Nissisen[18]. Tämä oli ensimmäinen kerta Suomen historiassa, kun näin korkeassa asemassa oleva lainkäytöstä vastaava virkamies irtisanottiin tehtävästään[19].
Nissisen irtisanomisaika oli kuusi kuukautta, miltä ajalta hänelle maksettiin palkkaa, jonka suuruus oli 10 578 euroa kuukaudessa[18]. Irtisanomisajan palkka oli näin 63 500 euroa[18]. Lisäksi Nissiselle maksettiin lakisääteiset lomarahat[18]. Hän ei kuitenkaan irtisanomisaikana enää tehnyt työtään[20].
Seuraava valtakunnansyyttäjä pystyi aloittamaan virassaan vasta Nissisen irtisanomisajan päätyttyä[21]. Siihen saakka maan ylimpänä syyttäjänä toimi apulaisvaltakunnansyyttäjä Raija Toiviainen[21]. Raija Toiviainen oli ehdolla valtakunnansyyttäjän virkaan jo vuonna 2010, kun virkaan valittiin Nissinen[22]. Toiviainen nimitettiin Nissisen seuraajaksi.
Perhe
Nissinen on leski. Hänellä on kolme lasta. Hän harrastaa kalastusta ja kirkkovenesoutua.[23]
