Aubry liittyi sosialistipuolueeseen vuonna 1974 ja pääministeri Édith Cresson nimitti hänet työministeriksi vuonna 1991, mutta hän menetti paikkansa 1993, kun oikeistopuolue Rassemblement pour la République (RPR) voitti parlamenttivaalit. Lionel Jospin kuitenkin nimitti hänet sosiaaliministeriksi päästyään pääministeriksi vuonna 1997. Aubry jätti paikkansa hallituksessa vuonna 2001 asettuakseen ehdolle Lillen pormestariksi, johon virkaan hänet valittiinkin. Hän menetti paikkansa Ranskan kansalliskokouksessa vuoden 2002 vaaleissa, mutta pormestariksi hänet valittiin uudelleen maaliskuussa 2008.[1]
Aubryn politiikkaan kuuluu erityisesti 35-tuntinen työviikko, joka tunnetaan Ranskassa Aubryn lakina.
21. marraskuuta 2008 hänet valittiin niukasti puolueensa uudeksi pääsihteeriksi. Vastaehdokas Ségolène Royal vaati heti seuraavana päivänä uusintalaskentaa ja harkitsi oikeustoimia asian ratkaisemiseksi.[2] 25. marraskuuta puoluejohto kuitenkin hyväksyi Aubryn voiton.[3]