Méndez siirtyi Opethiin vuonna 1997 korvatakseen siinä edeltäjänsä, yhtyeen laulaja-kitaristi Mikael Åkerfeldtin erottaman Johan DeFarfallan. Opeth oli ennen hänen liittymistään ehtinyt julkaista kaksi albumia, Orchidin (1995) ja Morningrisen (1996). Yhtyeen jäsenet olivat epäileväisiä Méndezin palkkaamisesta, koska he pelkäsivät sen johtavan yhtyeen jakautumista eri leireihin. Méndezin ystävä Martin Lopez oli nimittäin juuri ennen häntä liittynyt Opethiin rumpaliksi, ja Åkerfeldt sekä toinen kitaristi Peter Lindgren pelkäsivät yhtyeen jakautuvan kahtia, koska heillä kahdella oli takanaan pitkä yhteistyö yhtyeensä kanssa, kuten oli myös Mendezillä ja Lopezilla omien vanhojen yhtyeidensä kanssa. Méndez kuitenkin päätettiin palkata Opethiin.
Vaikka Méndez oli jo mukana yhtyeessä nauhoitusten aikaan, hän ei soita yhtyeen kolmannella albumilla My Arms, Your Hearsella (1997), koska hän ei ehtinyt opetella kaikkia albumin bassolinjoja ennen sen nauhoituksia. Tästä syystä Mikael Åkerfeldt on soittanut kaikki levyn bassokuviot. Ensimmäinen albumi, jossa Méndez soittaa, on vuonna 1999 julkaistu Still Life.
