Dubois pelasi Nantesin junioreissa vuodesta 2008 alkaen. Hän nousi edustusjoukkueeseen ensimmäisen kerran toukokuussa 2015, jolloin hän pelasi kaksi Ligue 1 -ottelua. Kaudella 2015–2016 hän pelasi Ligue 1:ssä 24 ottelua, joista 22 ottelua avauskokoonpanossa, ja seuraavalla kaudella jo 36 liigaottelua, joista 35 ottelua avauskokoonpanossa. Kaudella 2017–2018 hän oli joukkueen kapteeni ja pelasi 34 liigaottelua sekä teki liigassa kolme ensimmäistä maaliaan, joista ensimmäisen ja kolmannen Strasbourgia vastaan.[1]
Kesällä 2018 Dubois siirtyi Lyoniin. Kaudella 2018–2019 hän pelasi Ligue 1:ssä 25 ottelua, joissa hän teki yhden maalin, ja Mestarien liigassa viisi ottelua, joissa hän teki yhden maalin. Koronavirusepidemian keskeyttämällä Ligue 1 -kaudella 2019–2020 hän pelasi 16 ottelua. Saman kauden Mestarien liigassa Lyon eteni välieriin ja Dubois pelasi yhdeksän ottelua, kaikki avauskokoonpanossa. Kaudella 2020–2021 hän pelasi Ligue 1:ssä 37 ottelua ja teki niissä kaksi maalia.[1]
