Kustaa Vaasan ja hänen poikiensa aikana linna uusittiin renessanssipalatsiksi.[1]Kalmarin sodassa tanskalaiset valtasivat linnan ja se vahingoittui pahoin. 1600-luvun lopulla linna päästettiin rapistumaan ja 1700-luvulla sitä käytettiin esimerkiksi viljavarastona ja vankilana.[1] Linnaa restauroitiin 1800-luvulla. Työt aloitettiin vuonna 1885 ja nykyisen muotonsa linna sai vuonna 1891.[1]
Kun Tukholman ja Kalmarin linnoja muutettiin ja Vadstenan linna perustettiin, paikalle kutsuttiin saksalaisia ja italialaisia rakennusmestareita. Nämä tekivät tunnetuksi renessanssin ihanteita, joiden mukaan asuminen erotettiin puolustuksesta.
