Kainastonjoen vedenlaatu oli 2000-luvun alussa välttävä.[4] Joelle tyypillistä ovat korkeat ravinne- ja humuspitoisuudet.[5] Kainastonjoen yläosassa vedenlaatuun vaikuttavat varsinkin soilta ja metsistä tulevat vedet.[5] Myös metsätalous, maatalous ja turvetuotanto aiheuttavat ravinteiden, orgaanisten aineiden ja kiintoaineiden huuhtoutumista jokeen.[5]
Joen yläosassa ympäröivä maisema on yhtenäistä ja alavaa viljelyslakeutta. Kainastonjoen yläosan valuma-alueen peltoprosentti on noin 40. Joki on yläosastaan suurimmaksi osaksi tukkoinen ja kapea.[1]
