João Pinto pelasi Portugalin maajoukkueessa 70 maaottelua vuosina 1983–1996. Hän teki maalin MM-karsintaottelussa Sveitsiä vastaan huhtikuussa 1989.[3]EM-kilpailuissa 1984 hän pelasi täydet minuutit kaikissa kolmessa alkulohko-ottelussa ja jatkoaikatappioon päättyneessä välieräottelussa Ranskaa vastaan. Hän kuului Portugalin joukkueeseen MM-kilpailuissa 1986 mutta jäi vaille peliaikaa.[1]