Johnny Thomson (9. huhtikuuta 1922 Lowell, Massachusetts – 24. syyskuuta 1960 Allentown, Pennsylvania) oli yhdysvaltalainen Indianapolis 500 -kuljettaja. Hän osallistui kahdeksaan Indianapolis 500 -kilpailuun kausina 1953–1960. Hän oli kolmas vuoden 1959 kilpailussa. Hän saavutti yhteensä yhden paalupaikan, yhden palkintosijan, yhden nopeimman kierroksen ja 10 MM-pistettä. Hänet tunnettiin lempinimellä "Lentävä skotlantilainen".
Thomson kilpaili myös AAA- ja USAC-mestaruussarjoissa voittaen seitsemän kertaa. Hän voitti vuoden 1948 UCOA New England -tittelin voitettuaan 32 Midget car -tapahtumaa. Hän voitti tittelin uudestaan vuonna 1950. Hän voitti myös AAA Eastern Division Midget -mestaruuden. Hän oli vuoden 1958 USAC Sprint car -sarjan mestari. Hän voitti Eastern Spint car -sarjan mestaruuden vuonna 1954.
Thomson oli ensimmäinen kuljettaja, joka voitti sadan mailin (160 km) hiekkatiekilpailun alle tunnissa Pennsylvaniassa Langhornella. Hän menehtyi vuoden 1960 Sprint car tapahtumassa Great Allentown Fairissa, kun hänen autonsa ajoi aidan läpi ja kääntyi katolleen.
Thomson valittiin vuoden 1996 National Sprint car Hall of Fameen ja National Midget Auto Racing Hall of Fameen vuonna 1997. Hän oli myös kilpailija Bud Collyersin "Beat tht Clock" kilpailussa.
