Vuonna 1902 Daubert tutustui Edmund Husserliin. Vuonna 1905 joukko opiskelijoita siirtyi Münchenistä Göttingeniin osallistuakseen Husserlin luennoille. Daubertin lisäksi heihin kuuluivat muun muassa Fritz Weinmann, Adolf Reinach ja Alfred Schwenniger. Tätä kautta Daubert sai muiden ohella vaikutteita fenomenologiasta.
Vuonna 1912 Husserl, Pfänder, Daubert ja Moritz Geiger saivat ajatuksen perustaa fenomenologinen vuosikirja Jahrbuch für Philosophie und phänomenologische Forschung. Vuonna 1913 siinä ilmestyi Husserlin Ideen, joka esitteli tämän uuden transsendentaalisen fenomenologian.
Daubert oallistui ensimmäiseen maailmansotaanlänsirintamalla, ja sai useita ylennyksiä ja kunniamerkkejä. Sodan jälkeen hän halusi vetäytyä yliopistomaailmasta maalaiselämään perheineen. Hän piti kuitenkin edelleen yhteyttä Husserliin ja Pfänderiin. Jälkimmäisen vaikutuksesta Daubert alkoi vähitellen suhtautua yhä kriittisemmin Husserlin transsendentalismiin.
Daubertin kuoltua vuonna 1947 hänen käsikirjoituksensa jäivät maatilalle, ja ne siirrettiin kirjastoihin vasta vuonna 1967. Daubertin käyttämän erikoisen pikakirjoituksen vuoksi vasta Karl Schuhmann kykeni vuonna 1976 tulkitsemaan hänen käsikirjoituksensa, ja niitä alettiin julkaista.
Teoksia
Postuumit kriittiset laitokset:
"Remarks on the Psychology of Apperception and Judgment (1902)", Karl Schuhmann (toim.), teoksessa The New Yearbook for Phenomenology and Phenomenological Philosophy II, 2002
"Notes from Husserl’s Mathematical-Philosophical Exercises (1905)", Mark van Atten & Karl Schuhmann (toim.), teoksessa The New Yearbook for Phenomenology and Phenomenological Philosophy IV, 2004