Unionin armeijan miehitettyä Arkansas'n pääkaupungin Little Rockin Murphy valittiin Pohjoisvaltioiden hallitseman Arkansas'n uudeksi kuvernööriksi huhtikuussa 1864. Arkansas'n edellinen kuvernööri, etelävaltioiden puolella ollut Harris Flanagin kuitenkin jatkoi yhä etelävaltioiden hallussa olleen Arkansas'n hallitsemista Washingtonin kaupungista käsin toukokuuhun 1965 saakka.[1]