Lipetskin nykyinen jääkiekkoseura perustettiin vuonna 1979 nimellä Metallurg Lipetsk ja se liittyi Pervaja Ligaan. Seuraavana vuonna nimeksi vaihtui Traktor Lipetsk. Seura jatkoi Pervaja Ligassa Neuvostoliiton kaaduttuakin ja vuonna 1995 seura nykyisellä nimellään HK Lipetsk nousi Venäjän toiselle sarjatasolle Vysšaja Ligaan.
HK Lipetsk voitti Vysšaja Ligan mestaruudeen vuonna 1998 ja nousi Venäjän superliigaan. Seura pelasi superliigassa kaudet 1998–1999 ja 1999–2000, minkä jälkeen se putosi takaisin Vysšaja Ligaan. HK Lipetsk vietti Pervaja Liga -kautta 2006–2007 lukuun ottamatta 2000-luvun Vysšaja Ligassa.
Sarjatason uudelleenjärjestelyiden vuoksi HK Lipetsk joutui pudottautumaan Pervaja Ligaan vuonna 2010. Pervaja Liga lakkautettiin kauden jälkeen, ja HK Lipetsk jatkoi uudella kolmennalla sarjatasolla Venäjän jääkiekkoliigassa. Kaudeksi 2013-2014 joukkue siirtyy pelaamaan toiseksi korkeimmalle sarjatasolle VHLään.
