Fysiologia voidaan tutkittavien eliöiden perusteella jakaa kahteen pääsuuntaukseen: eläinfysiologiaan ja kasvifysiologiaan. Tämä perinteinen jaottelu ei huomioi muita eliölajeja, erityisesti muita aitotumaisia eliöitä kuten sieniä tai muita esitumaisia eliöitä kuten bakteereita. Myös näiden muiden aitotumaisten ja esitumaisten eliöiden toimintamekanismien tarkastelu kuuluu fysiologian piiriin.