Alarcón vaikutti Partido Patriótico Popular, Partido Demócrata ja viimeisimpänä Frente Radical Alfarista -puolueissa.
Alarcón oli kongressin puhemies elokuusta 1995. Kongressi pani presidentti Abdalá Bucaramin viralta 6. helmikuuta 1997 ja nimitti Alarcónin virkaa tekeväksi presidentiksi. Päätös oli perustuslaillisuudeltaan kyseenalainen, koska se tapahtui kongressissa yksinkertaisella enemmistöllä, eikä lain vaatimalla 2/3:n enemmistöllä. Bucaramin varapresidentti Rosalía Arteaga kiisti päätöksen ja julistautui presidentiksi. Arteaga luetaan virallisesti presidentiksi 9.–11. helmikuuta 1997. Kongressi pyysi armeijaa tukemaan itseään ja 11. helmikuuta Alarcón vannottiin uudelleen presidentiksi.
Vaalien jälkeen entinen Quiton pormestari Jamil Mahuad nousi presidentiksi elokuussa 1998.
Vuonna 1999 Alarcón pidettiin valtakautensa aikaisesta korruptiosta.[1] Hän vapautui 2005.
