Bayern Münchenin naisten joukkue perustettiin kesäkuussa 1970 Baijerin jalkapalloliiton kannustamana vaikka Saksan jalkapalloliitto perui naisten jalkapallon kiellon vasta myöhemmin samana vuonna. Ensimmäiset viralliset pelit Bayern pelasi 1972. Seura voitti Baijerin mestaruuden 19 kertaa peräkkäin vuosina 1972–1990 ja vuonna 1976 se voitti myös pudotuspeleinä pelatun Saksan mestaruuden voitettuaan loppuottelussa Tennis Club Borussia Berlinin 4–2.[3][4]
Kun naisten Bundesliiga perustettiin, Bayern München liittyi mukaan sijoittuen etelälohkossa neljänneksi. 1990-luvulla Bayern putosi moneksi vuodeksi ulos Bundesliigasta, mutta palasi takaisin 2000.[3] Bayern voitti mestaruuden 2015 ja 2016.[1]Naisten mestarien liigassa Bayern on parhaimmillaan edennyt välieriin asti 2019, jolloin se hävisi FC Barcelonalle 0–1.[5]
