FC Aarau on historiansa aikana voittanut Sveitsin mestaruuden kolmesti. Ensimmäinen menestyksen jakso ajoittuu 1910-luvulle, jolloin sveitsiläinen jalkapallo otti ensiaskeliaan. Seura pelasi pääsarjatasolla vuosina 1907-1933 kaikkiaan 25 vuotta, kunnes putosi divisioonaan useiksi vuosikymmeniksi. Lopulta kaudella 1980/81 Paul Stehrenbergerin luotsaamana Aarau palasi pääsarjatasolle. 1980-luvun jälkipuoliskolla Aarau nautti menestyksestä Ottmar Hitzfeldin johdolla ja juhli 1985 Sveitsin cupin voittoa.
1992/93 itävaltalainenRolf Fringer luotsasi Aaraun seurahistorian toistaiseksi viimeiseen mestaruuteen. Seura on pelannut pääsarjatasolla enemmän ja vähemmän menestyksekkäästi lähes 30 vuoden ajan. Vuonna 2002 taloudelliset vaikeudet olivat tuhota seuran, mutta seura onnistui selättämään pahimmat ongelmat ja vältti konkurssin. Seura onkin saanut sitkeästä pääsarjassa pysyttelystään lempinimen Die Unabsteigbaren, Putoamattomat. Lopulta Aarau putosi kauden 2009/10 jälkeen sarjajumbona liigasta.
