Elisabet naitettiin Ranskan kuninkaalle 16-vuotiaana lokakuussa 1570. Hän asui Ranskan hovissa uskonsotien aikana ja jäi anoppinsa Katariina de’ Medicin varjoon. Kaarlen kanssa heillä oli yksi tytär Marie Isabelle (1572-1578).
Elämä Wienissä
Aviomiehen kuoltua Elisabet palasi Keski-Eurooppaan vuonna 1575, jättäen tyttärensä Ranskaan. Hän vei mukanaan joukon pyhäinjäännöksiä ja perusti Wieniin nunnaluostarin. Wienissä ollessaan Elisabet kokosi kirjaston, jonka hän testamenttasi veljelleen Rudolf II:lle.[1]