Donkey Kong on kadonnut mysteerisesti ja Diddy ja Dixie suuntaavat merirosvoalukseen. Alukseen oli jätetty viesti, joka paljasti että paha Kaptain K. Rool on kidnapannut Donkey Kongin. Diddy ja Dixie aloittavat hurjan pelastusoperaation. Saavuttuaan K. Roolin linnaan, Diddy ja Dixie löytävät Donkey Kongin. K. Rool kuitenkin katoaa paikalta omalla ilma-aluksellaan. Myöhemmin Diddy ja Dixie kohtaavat uudelleen K. Roolin, ja voittavat tämän. Tosin Donkey Kongin avustuksella. Pelin oikeassa lopetuksessa, Diddyn ja Dixien pitäisi löytää kaikki DK kolikot sekä Salaperäinen Saari, jossa sijaitsee saaren päävirtageneraattori. Diddy ja Dixie joutuvat yllättäen jälleen kohtaamaan K. Roolin, josta seuraa taistelu minkä K. Rool häviääa. Diddy, Dixie, Donkey ja Cranky katsovat kuinka krokotiilisaari tuhoutuu. K. Rool pääsee kuitenkin pakenemaan saarelta juuri ennen sortumaa.
Pelaaminen
Donkey Kong Country 2:n idea on pelastaa kapteeni K. Roolin vangitsema Donkey Kong. Pelin päähahmot ovat Diddy Kong ja hänen tyttöystävänsä Dixie Kong. Pelin teema on merirosvot, joten peli alkaa Laskuporraskaleeri-merirosvolaivalta (johon Donkey Kong Country päättyi). Osa pelin vihollisistakin on pukeutunut merirosvovaatteisiin. Muut pelialueet ovat laavamaailma Crocodile Cauldron
, suomaailma Krem Quay, huvipuisto Krazy Kremland, kummitusmetsä Gloomy Gulch ja linnamaailma K. Rool's Keep.
Uutta ensimmäiseen Donkey Kong Countryyn verrattuna on kyky muuttua eläinystäväksi pelkän eläimellä ratsastamisen sijaan. Lisäksi toisen pelihahmon voi heittää ilmaan, jolloin voi päästä käsiksi yläilmoissa piileviin salaisuuksiin. Pelissä esiteltiin ensi kertaa myös DK-kolikot (joita löysi vain tutkimalla kentät läpikotaisin), Kadonnut maailma, sekä muita uudistuksia ja hahmoja, joita esiintyi myöhemmissä Donkey Kong -pelisarjan osissa.